九寨沟县林业和草原局内设机构5个，分别为办公室、生态修复保护股（九寨沟绿化委员会办公室）、森林草原火灾预防股（森林草原管理股）、野生动植物保护、自然地管理与国家森林公园管理股、林业和草原综合执法股。核定局属事业单位9个：县公益林工作中心、县林业科学技术推广站、县经济林木和种苗工作站、县森林资源工作站、县退耕还林工作站、县漳扎林业工作站、县双河林业工作站、县玉瓦林业工作站、县城关林业工作站。核定局属参公单位2个：森林病虫害防治检疫站、森林草原火灾预防监测站。

下设九寨沟县林业和草原生态旅游发展中心，代政府管理四川贡杠岭省级自然保护区九寨沟管理处、四川白河国家级自然保护区管理处、四川勿角省级自然保护区管理处。